Jaringan kerjasama yang di bina Masjid Raya Pondok Indah baik dengan organisasi, lembaga maupun individu profesional bertujuan untuk meningkatkan jalinan silaturahmi serta kerjasama yang saling membawa manfaat optimal bagi semua pihak untuk kemaslahatan umat.
Pihak-pihak yang sampai saat ini secara konsisten menunjukan upaya kerjasama positif ini antara lain adalah PT. Bank Muamalat Indonesia, MMQ Darur Tauhid, Dompet Dhuafa, MERCI, UJ Center (Ustad Jefry Al- Bukhori), Yayasan Islam (Studi Islam Al Hilal) Yayasan Al Urwatul Wustqa, Yayasan Al Hikmah, Pengajian Nurul Huda, Pengajian Al Ummahat, Perusahaan Jasa Catering, Peralatan Tenda, Pelaminan dan Perusahaan Jasa Tanaman Hias, dll.